Si svolge circa tre mesi dopo l'incidente avvenuto nella villa del primo capitolo, ma cronologicalmente parlando, i fatti di questo terzo capitolo avvengono parallelamente al secondo capitolo.

Protagonista di questa terza avventura targata Capcom è Jill Valentine che, dopo essere sopravvissuta agli orrori del primo episodio, decide di scappare da Raccoon City per sfuggire agli effetti del mortale T-virus.

Durante il suo cammino verso la salvezza, l'eroina della STARS si imbatterà in Carlos Olivera, un mercenario assoldato dall'Umbrella Corporation, che deciderà di aiutarla nella sua fuga dalla città dei morti viventi.

L'elemento veramente innovativo di questo terzo capitolo è costituito dalla figura di Nemesis, una tremenda macchina da morte che seguirà Jill per tutto il gioco e cercherà in tutti i modi di ucciderla. Nemesis ha un vocabolario con una sola parola: "S.T.A.R.S.!".